【後編】縄文人、ラオス・マレーシアにルーツ？ ゲノム配列解読――The prehistoric peopling of Southeast Asia――
論文内容に進もう。
The prehistoric peopling of Southeast Asia | Science
supplement（これは今も普通に読めた）
http://science.sciencemag.org/content/suppl/2018/07/03/361.6397.88.DC1
論文の昔のバージョン（縄文抜き）
Ancient Genomics Reveals Four Prehistoric Migration Waves into Southeast Asia | bioRxiv
（※「4回の移住の波」はこの論文で出た数字で、それがこのタイトルにある――だがしかし）
まず切り口として、金沢大学のリリースにもある、縄文人や日本人と関係のある内容から始めよう。（実は間違いと注意点がある）
pdf「最先端技術を用いた古人骨全ゲノム解析から東南アジアと日本列島における人類集団の起源の詳細を解明」
https://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/07/180709.pdf
得られた古人骨ゲノムデータと世界各地の現代人集団のゲノムデータを比較した結果，東南アジアに居住していた先史時代の人々は，6つのグループに分類できることが分かりました（図3）。
グループ1は現代のアンダマン諸島のオンゲ族やジャラワ族，マレー半島のジャハイ族と遺伝的に近い集団で，ラオスのPha Faen遺跡（約8千年前）から出土したホアビン文化という狩猟採集民の文化を持つ古人骨と，マレーシアのGua Cha遺跡（約4千年前）の古人骨がそのグループに分類されました。また，このグループ1に分類された古人骨のゲノム配列の一部は，驚くことに日本の愛知県田原市にある伊川津貝塚から出土した縄文人（成人女性）のゲノム配列に類似していたことが分かりました。さらに，伊川津縄文人ゲノムは，現代日本人ゲノムに一部受け継がれていることも判明しました。
一方，他のグループ2〜6は農耕文化が始まる新石器時代から約500年前までの古人骨で，ホアビン文化の古人骨とは遺伝的に大きく異なっており，それぞれ異なる拡散と遺伝的交流（すなわち混血）の歴史を持っていることが分かってきました。グループ2はムラブリ族などの現代オーストロアジア語族と遺伝的に近く，現代東アジア集団とは遺伝的な構成要素をあまり共有していないことが分かりました。さらにグループ1と東アジア集団が分かれた後に，グループ1からグループ2への混血の痕跡が見つかりました。また，グループ3は現代東南アジア集団のタイ・カダイ語族やオーストロネシア語族と遺伝的に近く，グループ4は現代の中国南部地域の人々と遺伝的に近いことも分かりました。さらに，グループ5は，現代のインドネシア西部の人々と遺伝的に近く，グループ6は，いわゆる旧人に分類される古代型人類であるデニソワ人からの部分的な混血の痕跡なども見られました。（中略。前編で書いた移住モデルの修整）
その大きな移住の波が少なくとも4回以上はあったことが解析の結果分かってきたことから，このような東南アジアの人々の移動を「複合モデル」という新しい枠組みで捉え直すことになりました。
ただ、地図は論文の地図のほうがいい。線も矢印付きで順序と方向がわかる。またこの矢印の根元の微妙な位置は、明らかに意図して（主張として）描かれてるだろう。（ただし地図上の重なった位置には描けないため妥協は必要。主張と妥協を見極めるべし）
そしてこの地図では、4種類の色付きの線（赤・緑・青・紫）が、東南アジアでの「4回の移住の波」にしっかり対応している。（この対応が日本版のリリースでは伝わらない）
さらにここで、黒線は西から来た古い集団で、4回の移住の波にも6つのグループにも数えられていない。（あえて名付けるなら、「グループゼロ(Gr.0)」でしょう）
またリリースでは、Mamanwa（フィリピンのネグリート）やAustralians（アボリジニ）への黒線も抜けている。
まず、「6つのグループ」及び「伊川津縄文人」と黒線の後の「4回の移住の波」*1を、論文に従ってまとめ直しておく。（リリースとは一部で言葉も変わります）
既に見せた古人骨表でも、グループ番号はちゃんと書かれてた。（先に遺跡地図を貼っておく）
- 【グループ１】 現代のアンダマン諸島のオンゲ族・ジャラワ族、マレー半島のジャハイ族。そして遺跡古人骨のホアビン文化（ラオスのPha Faen遺跡(La368。約8000年前)）・マレーシアのGua Cha遺跡(Ma911。約4000年前)を含む。――移住第1波（赤線）に対応。
- グループ１は伊川津縄文人にも強く影響するが、しかし伊川津縄文人は第1グループに含まれていない。地図に引かれた線でも第1波（「ラオス・マレーシアのルーツ」）と第3波（古東アジア人）が合流し、しかも点線だ。
- そしてこの伊川津縄文人に影響した第3波の「古東アジア人」だが、（調べられた中では）台湾のアミ族（オーストロネシア語族）の祖先となった集団が一番の候補とされている（次図Dの下のほう「La368の祖先38%＋Amiの祖先62%」を参照）。――なおここで、「アミ族の祖先」はアミ族そのものではなく、「古東アジア人」に当たる集団で、つまりアミ族は古東アジア人の特徴を多く残していて近い（あまり変化してない）*2ということ。――伊川津の第1波と第3波は両方南方系に見えるが、「流れよる椰子の実一つ」の渥美半島だから、この土地柄も影響してる可能性あり。
- さらに現在の日本人(Japanese)も、「伊川津縄文人(Jomon)の祖先21%＋またもやアミ族の祖先79%」という数字が出てる。――日本人(Japanese)も二重の経路で古東アジア人（アミ族の祖先）と深く結びつく辺境集団だ。（もっと極端な混合比率（別の可能性）もサプリメントに出てる）
- アンダマン諸島のオンゲ族・ジャラワ族と日本人の関係は、最近その近さが判明した、Y染色体ハプログループDの関係でもある。
ちょうどこの記事で扱った論文が、今回の論文でも引用されていて、デニソワと東南アジアの関係（地図の黒線集団に当たる）を扱っていた。
- 【グループ2】 現代のムラブリ族・Htinなど一部オーストロアジア語族（全部ではない）と、グループ1と同地域で新しめ（紀元前まで）の古人骨＋ベトナム古人骨。――移住第2波（緑線）に対応。
- この移住第2波（緑線）が東南アジア紀元前の（初期）農耕文化の伝播に対応。
- 【グループ3】 タイ・カダイ語族と一部オーストロネシア語族と、一部ベトナムなどの新しめの古人骨（タイ(Mae Hong Son)は紀元後約400年）。――移住第3波（青線）に対応する一つで、タイ族の南下を含む。
- また、アミ族（オーストロネシア語族）の名もグループ3にあり、タイ・カダイ語族とオーストロネシア語族の境目近くが含まれるようだ。（説明で"Austro-Tai"の表現も登場する。分類の主張としては、たぶん台湾原住民はグループ3に該当する、ということか）
- 【グループ4】 中国雲南省のWa族（オーストロアジア語族）と、グループ2以外のタイのオーストロアジア語族と、タイなどのグループ3より少し古い時代の古人骨。――こちらも移住第3波（青線）で、古東アジア人の移動にも対応している。
-
この移住第3波（青線）は、実際には東アジア側のもっと古い時代の移動も含んでいることになるはず。
※注意。この論文の対象データに中国国内の古人骨は基本的になく、ただ4万年前の田園洞人(Tianyuan)だけが参照されてる。古い時代の中国国内の細かい状況の判断材料はなく、今後の研究を待つべきところ。
- このグループ3・4が、タイの新しいタイ族系統(グループ3)と、少し古い系統(グループ4)に当たる。そしてタイにはさらに古いグループ2がいる、という状態。
- なお、ミャオ・ヤオ語族の南下は、もっと新しい数百年前の出来事。（以前から繰り返し書いてる歴史的事情）
-
- 【グループ5】 インドネシア西部の人々（約2000年前の古人骨含む）。――移住第1波と第2波の合流。言語もオーストロアジア語族からオーストロネシア語族に変化したようだ。
- 【グループ6】*3 残るオーストロネシア人（フィリピンなど）――移住第4波（紫線）に対応。
- グループ6は、"originate from Malaysia and the Philippines and cluster with present-day Austronesians"とあり、どうやら台湾とインドネシア西部を抜いた残りのオーストロネシア語族に当たっている。*4
なお、ADMIXTURE付きでグループ*5のわかる主成分分析図(論文F2図)もある。
（K=2からK=13までのADMIXTURE大画像（民族の詳細区分もあり）はこちら）
ここで、サプリメントのFig. S12図（該当する数値はTable S4）～Fig. S19図（Table S11）を見ると、もっと詳しいデータがわかる。
ただしそれぞれの比較も必要となる。どの民族もすべての図(TABLE)にあるのだ。*6
ここで、F2図Bの詳細に当たる、いくつかの図を合成したS9合成図*7（別の民族データ（名が黒字）も付け加わってる）も作ってみた。これで論文の図よりは詳しい民族の対応がわかるでしょう。*8
論文内容はとりあえずここまで。
分析技術の進歩もあったため、今後さらに新しいデータが出てきたとき、学説が変わる可能性もある。今後の展開も注目しましょう。
最後に、今回は調べられていない、調べると学説に影響する可能性のある集団をリストアップしておく。
- 伊川津縄文人以外の縄文人。
- 中国本土（特に南部海人）の古人骨。――古い時代の南部海人（蛋民も含む）の情報があればもっと詳しい移動の事情がわかるだろう。唱えられてる学説からすれば、長江河口部などのデータとも比較したい。
- 台湾（特に西の海岸部*9）も重要。――特に、直接的に交流があったと考えられる、古い年代の海人の情報が欲しいところ。
- カンボジアから南ベトナム（扶南などの地域）の古人骨。――オーストロネシア語族のチャム族がいて、さらにインド系の影響も古くからあった地域。
- フィリピンもマレー本土もインドネシア西部も遺跡は一箇所ずつしか調べられていなかったり、ボルネオは古い遺跡ではなかったり、結局どこももう少し別のデータが欲しいでしょう。
- なお、現代人であまり調べられてない集団もまだいる。地域・集団的な絞り込みの必要な場合もある。都市だけを調べると出てこなかったり、広域で平均化すると見えなくなったりする、地方に偏在する特徴の偏った小集団はいるのだ。――日本の島部・山間部のように、ろくに調べられてない集団は数多にある。
*1:この一致しない二つの数字が紛らわしい。そしてさらに、黒線系グループ0＋微妙に分けられた別グループ（伊川津縄文人もここ）もいるわけだ。
*2:アミ族は、「隔離された環境にいることで古い特徴を多く残した辺境的集団」か。
*3:金沢大学のリリースは、グループ6の対応を中心に勘違いしてる。
*4:遺伝的な意味での「オーストロネシア人」と、言語学的な「オーストロネシア語族」の違いにも注意。遺伝的関係があっても話す言語は変わらない場合がある。逆に、遺伝とあまり関係しない言語伝播・言語変化もある。この二つの要素が両方ある場合でも、影響した時代が違う可能性もある。（他の語族でも同じ注意は必要）
*5:グループ3.1と4.1も加わり、グループの数が増えてる。――そもそもグループは、いろいろな分け方（数え方）が出来る物です。
*6:Ami族は、どの図(TABLE)を見ても上位で出てきたりする。
*7:サプリメントのS9図をベースにして、F2図などにあるグループ情報と、S10図の詳細民族名（全部は書けないため一部）を、色を付けて書き加えた。
*8:ただし、Groupの散らばりは結構大きいようで、Group3とされるAmi族は一番上のほうに固まっていたりする。
*9:台湾でも西の海岸部は交流が多く、新しい移住者の影響も強く、既に原住民地域とされていない。東の山岳民族だと、「隔離された環境にいることで古い特徴を多く残した辺境的集団」かもしれない。
【前編】縄文人、ラオス・マレーシアにルーツ？ ゲノム配列解読――The prehistoric peopling of Southeast Asia――
ニュースと論文のまとめ
縄文人、ラオス・マレーシアにルーツ？ ゲノム配列解読：朝日新聞デジタル
約２５００年前の縄文人の人骨に含まれる全ゲノム（遺伝情報）を解析した結果、約８千年前の東南アジアの遺跡で出土した古人骨から得られたゲノム配列と似ていることが、金沢大学の覚張（がくはり）隆史特任助教（生命科学）らの研究グループの調査でわかった。
今回は長文になるため、ブログ（前編・後編）でまとめます。
また、古い間違いだらけの定説の立場からはサプライズでも、最新の理論を追っかけていれば当たり前にノーサプライズ（既知もしくは予測通り）という話も多いわけで、わかってる人にはわかってる話でも書かなければならない場合がある。
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東南アジア全体を扱った論文で、日本だけの論文じゃありません。
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論文内容は後編で。
論文の昔のバージョン（縄文抜き）
Ancient Genomics Reveals Four Prehistoric Migration Waves into Southeast Asia | bioRxiv
金沢大学のリリースpdf
https://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/07/180709.pdf
「最先端技術を用いた古人骨全ゲノム解析から東南アジアと日本列島における人類集団の起源の詳細を解明」
適当に引用してまとめ。
- 日本列島の縄文時代遺跡や東南アジアから出土した古人骨26個体のゲノム解析を実施し，今日の東南アジアで生活する人々の起源と過去の拡散過程を解明しました。
- 今回，ゲノム解読がなされた縄文人骨は，愛知県田原市の伊川津（いかわづ）貝塚遺跡から出土した約2千500年前の縄文晩期の女性人骨で，縄文人の全ゲノム配列を解読した例としては世界で初めての公表となります。
- 本研究は，縄文時代から現代まで日本列島人は大陸南部地域の人々と遺伝的に深いつながりがあることが，独立した複数の国際研究機関のクロスチェック分析によって科学的に実証された初めての研究として位置付けられます。
- （後半に飛んで）本研究成果では，すでに稲作文化を持っていた中国南部からの遺伝的な影響は部分的で，人々が完全に置き換わったということではないことが判明。
- 従来の考古学的な視点からは，これらの時期には稲作・雑穀などの農耕文化を持つ人類集団が東南アジアに多数入植して原住民と置き換わったというシンプルな「2層構造仮説」が提唱――されていた。
- 元々住んでいた狩猟採集民がそのまま農耕を取り入れたという静的な状態――という別の説とも違う。
- この他にも、直接論文内容のまとめと関連させて書くべき部分（勘違い・誤解要素）があるため、そこは後編でまとめて書く。
もちろん、解析技術が進歩したこと自体が非常に重要。
今後、日本に限らず、いろいろな人骨を解析できる可能性がある。
東南アジア民族の形成と縄文人 （西川伸一）
この記事からも一箇所だけ引用しておく。
東南アジアや我が国で、古代人ゲノム研究が進まない理由は、研究レベルの問題もあるが、もう一つは高温多湿地帯のためDNAの変性が激しいことがある。
高温多湿が問題だったわけです。が、研究レベルの問題もある。
お金だ。今の日本では学問にお金が注がれない。私も生活に苦しまず学問に打ち込めるぐらいには儲けたいし立場も欲しい。
伊川津貝塚について
伊川津貝塚（wikipedia・吉胡貝塚史跡公園の詳細解説（発掘報告付き））は、愛知県田原市・渥美半島*1の三河湾側にある、縄文時代後期末から晩期の貝塚遺跡。
今回の人骨は炭素年代（調整前）2681±16(BP2720～BP2418)の数字が出てる。（詳細は次の古人骨表）
200体弱の人骨。またここも重要な交流証拠である、オオツタノハの貝輪と埋葬されたイヌの骨(11体)が出てる。（なお同じ市内で同時期の吉胡貝塚のほうが人骨300体以上。やけに人骨が集中する地域です）
論文で解析されてる古人骨表
項目が多いため一部の情報だけ抜粋。
伊川津縄文人もあります。ミトコンドリアハプログループはN9b1。
東南アジアの遺跡地図も付けておこう。
あともう一つ、中国の田園洞人（約4万年前）は、東南アジア発祥とされるミトコンドリアハプログループBだ。
DNA analysis of an early modern human from Tianyuan Cave, China | PNAS
ここで、N9bは決して北方系ではないということも、再び確認し主張しておく必要がある。
N9bは北方系と、いまだにあちこちで書かれてるが、それは間違ってます。
今回の論文も（地図も表も）、N9b及びいくつかあるN9aは北方系ではないと示しているでしょう。少なくとも、ロシア沿海州のN9bよりずっと古い。
というところで、後編へ。
日本の人口の変遷 ――論文を読む前に知るべき島根県の特殊さ――
島根県を扱ってる日本の全染色体分析論文を紹介したい。
しかしその前に、論文には言及がないが、日本の人口の変遷やっておきたい。これはどうしても必要な知識なのだ。
中国の人口の変遷はやったわけで、日本の人口変遷もやっておく必要性を感じたわけです。
なお、問題の論文「The fine-scale genetic structure and evolution of the Japanese population」からは、島根県だけでなく、沖縄や西日本*1の僻地の特殊性も見えてくる。
問題の論文は、そそられる図がたくさんあって、内容も豊富。
だが、結論に飛びつくのは早い。
実はこの論文の島根県は、人口変遷から見て日本でも特殊なのだ。
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